El primer hospital que existió en la ciudad de Durango, fue fundado el día 31 de julio de 1595 por petición de Diego de Villar, Procurador de la Villa de Durango. Se puso bajo la advocación de la Santa Veracruz y su primer Administración fue Alonso Meléndez. Tiempo después, se encargaron de su administración los religiosos de San Juan de Dios y el Hospital cambio de nombre para llamarse de San Cosme y San Damián. Los primeros religiosos Juaninos que lo atendieron Fray Francisco Ferrer y Fray Juan de Torres.
Por más de un siglo, vivió el hospital de limosnas y en absoluta miseria, hasta el año de 1726 en que el Gobernador don Manuel de San Juan y Santa Cruz, se solicitó al rey de España ayuda para mejorar la institución. Por real orden del 25 de Abril de 1719 se reparó el edificio del hospital, se aumentó a seis el número de religiosos que lo atendían, además de un capellán, se añadieron dieciseis camas a las ocho que ya había, se emplearon tres mil quinientos pesos en restablecer una botica cuyos medicamentos se trajeron de la ciudad de México; se puso al frente de la misma a un boticario examinado con sueldo de cuatrocientos pesos anuales y se llevó a un médico con una renta fija. Diez años después, en 1729, el señor doctor Don Benito Crespo, Obispo de la diócesis, bendijo con solemnidad las reformas y ampliaciones materiales de dicho hospital y el 7 de marzo de 1739 se hizo la consagración de la iglesia anexa al mismo, que en la actualidad conocemos como templo de San Juan de Dios.